Los Grupos de Trabajo Temáticos (GTTs) son responsables de las Instancias organizativas por ser:
Son dirigidos por un Comité Científico formado por investigadores que como mínimo sean magíster, dentro de los cuales uno, necesariamente debe ser Doctor, y electo como Coordinador.
Estructurados a partir de una Coordinación Nacional (en esa gestión bajo la responsabilidad del Prof. Dr. Antonio Jorge Soares y de la Profa. Meily Assubú Líneales), están vinculados a la Dirección Científica y están reglamentados por el Estatuto de la entidad, así como por un reglamento propio.
Actualmente están en funcionamiento 13 GTTs: