O CBCE está estruturado da seguinte maneira:
* Diretoria Nacional composta pelo Presidente, Vice-Presidente, Diretor Financeiro, Diretor de Comunicação, Diretor Administrativo e Diretor Científico, eleita a cada dois anos.
* Vinculada a essa Diretoria e organizados nacionalmente sob uma coordenação geral vinculada ao departamento científico, temos os Grupos de Trabalho Temático, GTTs, que envolve os pesquisadores ligados a assuntos específicos.
* O CBCE ainda se faz representar nos distintos Estados e Territórios brasileiros por suas Secretarias Estaduais. Compostas por, no mínimo, um Secretário Estadual, um Secretário-Adjunto e um Tesoureiro, eleitos pelos sócios domiciliados no Estado.